苏格兰女王，法国王后，以美貌著称。1567年王位遭废黜，次年起被英格兰女王伊丽莎白一世囚禁达十八年之久。最后以企图谋杀伊丽莎白一世的罪名被处死，享年45岁。

玛丽·斯图亚特（1542年12月8日——1587年2月18日）苏格兰统治者。她出生六个月后即位为苏格兰女王。为了躲避与爱德华六世的婚姻，在5岁时被送往法兰西，由她的母亲玛丽·德·吉斯代为摄政。她在法兰西生活、长大、接受教育，生活奢侈稳定。

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1558年4月24日，与表弟法兰西的弗朗索瓦二世结婚。同年她信仰天主教的表亲英格兰的玛丽一世去世，随即根据英格兰法律玛丽一世的妹妹——伊丽莎白一世女王陛下即位，但是伊丽莎白一世信仰新教，在当时以天主教为唯一宗教的情况下，被视为异端；作为将新教定为国教的英格兰来说，伊丽莎白一世则是唯一正统王位的继承人。借由欧洲各国对于异教的恐惧以及罗马天主教对于异教徒的排斥，玛丽·斯图亚特对外宣布自己拥有英格兰王位合法继承权。并且拒绝核准《爱丁堡条约》，拒绝承认伊丽莎白一世为英格兰女王，并将英格兰王室纹章用于自己的部队。

1560年，弗朗索瓦二世去世，在法兰西宫廷中受到婆婆凯瑟琳·德·美第奇的冷眼，迫于苏格兰国内局势动荡，次年返回苏格兰亲政。信仰天主教，与苏格兰贵族和加尔文教徒互相不满，她告诉教皇，她想要在苏格兰王国境内重建天主教信仰。

1561年，苏格兰女王玛丽·斯图亚特郑重警告伊丽莎白一世，除非让她成为继承人，否则就要嫁给欧洲天主教王子，用武装夺取政权，伊丽莎白一世与她最忠诚的顾问威廉塞西尔，都被玛丽·斯图亚特吓坏，经过与塞西尔的讨论，决定告诉玛丽·斯图亚特，如果她改变嫁给外国王子的计划，嫁给英国贵族，会考虑把她当做继承人。伊丽莎白一世的想法很冒险，这意味着如果她在没有产下合法继承人之前死去，玛丽就会成为英格兰的女王，但如果她能替玛丽选择一位她能够控制的信仰新教的丈夫，就能阻止英格兰重新成为天主教国家。

罗伯特达德利成为了完美人选，达德利英俊迷人，并且爱着伊丽莎白一世，伊丽莎白一世与达德利互相倾慕，但伊丽莎白一世知道她永远没办法嫁给他，玛丽或许可以。

首先，达德利已经有妻子了。其次1560年，他的妻子死于非命，他涉嫌其中，这个重磅绯闻不容忽视。伊丽莎白一世想用达德利来控制玛丽。一开始玛丽是拒绝的，但是嫁给达德利就能确保她继承人的身份，她答应了。

1564年11月，英格兰与苏格兰的使者见面商讨婚姻事宜，结果婚姻没有促进贸易，而是换取了王位继承人的身份，玛丽的群众议论纷纷，成了丑闻，玛丽毁约，她感到背叛，决心找到丈夫以夺取伊丽莎白一世的王位。

1565年7月29日清晨，她执意嫁给了英格兰人亨利·斯图亚特，并且在爱丁堡举行了盛大的天主教婚礼。

这使得原本与她在形式上交好的表亲伊丽莎白一世大为光火，而身为人臣的亨利·斯图亚特违抗伊丽莎白一世的诏令继续待在苏格兰，此后两位女王交恶。同年12月，玛丽·斯图亚特宣布怀孕。

1566年2月，她的丈夫受不了她背叛他的所有传言，以及对于自己有名无实国王身份的厌倦，他向身边的苏格兰领主表示，如果他们能够帮助他取得苏格兰王权，便会积极协助苏格兰新教。众多苏格兰领主将他视为待宰的羔羊，并在背后另有计划，总之他们众人勾结了一起谋划谋害玛丽·斯图亚特以及其奸夫的计划。

1566年3月9日，玛丽·斯图亚特遭到叛乱袭击，她的秘书被人残忍杀害了，而她本人被软禁在房中，她说服了她的丈夫，告诉他，这些叛乱分子的下个目标就是他。他随即被她的话吓倒了，当时怀孕6个月的玛丽·斯图亚特在3月11日子夜和她的丈夫从后方楼梯悄悄离开，在夜里穿梭了25英里，最后到达敦巴。

随后玛丽·斯图亚特召集了八千人反攻爱丁堡，在3月18日重新夺回了对于爱丁堡的控制权。然而叛党早已从首都逃离。

不久后，她与丈夫决裂，并与她的表亲伊丽莎白一世一度和好，还在信中询问伊丽莎白一世是否愿意当她孩子的教母。

1566年6月19日，她经过分娩产下生命中唯一的孩子，将他取名叫做詹姆士·斯图亚特，这个孩子后来成为了英格兰和苏格兰共同的国王，也就是不列颠的詹姆士一世。

然而在当时的情况下，詹姆士·斯图亚特对于英格兰王位的继承权并不是决定性的，只是大幅增加了玛丽·斯图亚特本人作为天主教徒（从英格兰的角度来说，她是个异教徒）继承英格兰王位的可能性。

1566年11月，玛丽·斯图亚特与她的宫廷顾问开始讨论摆脱她的丈夫亨利·斯图亚特的方法，最终他们没有拿出好的方案，因为一旦宣布两人婚姻无效，就会造成对于儿子詹姆士·斯图亚特合法性的质疑。

部分贵族希望她以叛国罪之名逮捕亨利·斯图亚特，但她对此十分犹豫，因为各国使节已经抵达苏格兰，准备参加她儿子的受洗大典。而在受洗大典之后，贝福德伯爵告诉玛丽·斯图亚特，伊丽莎白一世有意将她立为英格兰王位的合法继承人，希望能够换得在此期间不得篡位的承诺。

1567年1月20日，由于担心丈夫在苏格兰西部煽动叛乱，她无奈前往当地，意图说服丈夫与她一同回到爱丁堡主政。同年2月8日，玛丽·斯图亚特正式宣布愿意核准《爱丁堡条约》，隔天苏格兰特使便出访英格兰。

当晚她本想要陪伴丈夫，但随后想起自己答应参加在荷里路德宫举办的一场化装舞会，便离开了夫妇二人短时居住的柯克欧菲尔德宫。就在两天后，她的第二任丈夫亨利·斯图亚特命丧于此，证据显示他是被人谋杀的。

玛丽·斯图亚特闻言后，感到十分恐慌，下令要立即捉拿凶手，并且给欧洲各王室写信，宣布自己“奇迹般”的死里逃生。

不过就当时时局而言，很多苏格兰贵族包括玛丽·斯图亚特本人都有理由杀害自己的丈夫，因此她得到各方猜忌，其中还包括法兰西王太后、她的婆婆——凯瑟琳·德·美第奇。

4月24日，玛丽·斯图亚特前往斯特林看望儿子后返回爱丁堡。她遭到了宠臣波斯维尔侯爵的绑架——当然也有可能得到了她本人的同意——并且“蹂躏”了她。后来玛丽·斯图亚特与他在荷里路德宫以新教仪式完婚，她对外宣称自己别无选择，为了保全名誉不得不这么做。但许多人认为她行为堕落，因而认为这对新婚夫妇联手害死了亨利·斯图亚特。

1567年6月15日，由于苏格兰贵族无法容忍野心勃勃的波斯维尔侯爵一人独大，成为苏格兰的王，他们在卡伯里山发动了武装起义。那天的冲突过后，玛丽·斯图亚特遭到贵族软禁，而她的丈夫逃回敦巴后出境逃往了丹麦。

两天后，她被关于位于金洛斯利文湖的一座城堡中，除了身上的衣服，她一无所有。几周后，她流产失去了一对双胞胎。

7月初，她的表亲伊丽莎白一世派遣使臣前往苏格兰，坚持由玛丽·斯图亚特复位，同时要求尽快找出杀害亨利·斯图亚特的凶手，且确定了詹姆斯·斯图亚特的安全并提出将他带到英格兰进行抚养。

当时苏格兰国内发出了反玛丽·斯图亚特的强烈呼声，同时苏格兰国内对于英格兰的干预很是反感。他们禁止英格兰使臣接近玛丽·斯图亚特，然而苏格兰贵族却表示，如果伊丽莎白一世不愿帮助他们，就将玛丽·斯图亚特处决。因此英格兰使臣给玛丽·斯图亚特写信，建议她与波斯维尔侯爵离婚，她拒绝了。

苏格兰贵族拒绝了英格兰使臣对于带走詹姆士王子的请求，他们决定要让玛丽·斯图亚特退位，并让她的儿子詹姆士继承王位。

在7月24日，当玛丽·斯图亚特被要求签署退位书时，她拒绝了，并要求召开苏格兰国会。直到林赛男爵威胁她要割开她的脖颈，她才屈从。至此，她不再是苏格兰女王。

1568年5月2日，玛丽·斯图亚特诱惑了苏格兰地主的弟弟乔治·道格拉斯，他帮助她逃离了利文湖，接着他护送她前往汉密尔顿宫，与几名苏格兰贵族与六千反叛军汇合。她的表亲伊丽莎白一世听闻此事，亲手写了一封祝贺信给她，并表示愿意提供帮助与支持。

但事情并不顺利，一直到5月16日，她才逃出苏格兰，踏上英格兰国土，并希望能够得到英方的庇护。由她的表亲伊丽莎白一世在政治上的反复考虑过后，没有决定将她送回苏格兰，而是决定将她囚禁于英格兰本土。

玛丽·斯图亚特就此开始了余生的囚禁生活，然而即使被软禁却过着与她女王身份相符的生活，拥有自己的一班侍女，允许她接见来客、打猎出游。

可是玛丽·斯图亚特的存在本身对于英格兰伊丽莎白一世的政权而言就是危机，她被英格兰境内外一批狂热的罗马天主教徒视为比伊丽莎白一世更有资格统治英格兰的人，也被反对新教，希望英格兰恢复罗马天主教的反叛者视为灵魂人物。最终她被伊丽莎白一世以叛国罪处决。

玛丽的美貌和个人造诣从来没有引起过争议。她会六种语言，而且不仅有一个动听的歌喉，还能弹奏多种乐器。她在苏格兰有一间收藏大量意大利文和法文诗词的图书馆。她1571年以后的肖像大部分属于以下两类中的一类：天主教的殉道者或天主教的虔诚教徒，从这些肖像中很难看出玛丽就是苏格兰女王。

玛丽一世1542年12月8日诞生在苏格兰西洛锡安地区的林利思哥宫，父亲是詹姆斯五世，母亲是法国权臣吉斯公爵弗朗索瓦·德·洛林之妹玛丽·德·吉斯。

在国王罗伯特二世的统治期内确立了苏格兰王位继承规定：罗伯特的所有儿子男性系后裔中的男子（在议会法案中列出）才有资格继承王位，这是因为罗伯特第一次婚姻所生的孩子受到合法性的置疑。只有在父系灭绝的情况下王位才能传给女性和母系。

所有其他的男性系多年前就已去世了，但是奥尔巴尼公爵约翰·斯图亚特（王室近亲，詹姆斯五世的堂伯）在几年前还活着并于1536年去世。如果他没有先于詹姆斯五世去世的话，玛丽并不一定会继承王位。在这种算是半符合萨利克继承法的情况下，玛丽继承了王位，因为罗伯特二世所有男性系后裔中的男子都已经先于她的父亲去世了。

她的父亲30岁的时候去世，死因可能是霍乱，尽管他同时代的人认为他的死亡应该归因于在Solway Moss战役中败于英格兰以及受到羞辱所导致的悲伤。在福克兰宫，她的父亲获知了她出生的消息，预言道：“魔鬼与之相伴。它随一个小姑娘而来，也会随一个小姑娘而去！”（当然，这可能是酒后的疯话）斯图亚特家族曾通过玛杰瑞（苏格兰国王罗伯特一世的女儿）坐上了苏格兰王位的宝座。詹姆士确信玛丽意味着斯图亚特家族在苏格兰统治的结束。其实，通过玛丽的儿子，他们在统一的英格兰和苏格兰的统治开始了（玛丽在法国的时候采用了法语的拼法“Stuart”，她的子孙们坚持了这种拼法）。

六天大的玛丽成了苏格兰的女王，王位的下一个继承人亚兰伯爵二世詹姆士·汉密尔顿，在1554年以前扮演着摄政王的角色。后来女王的母亲摄政，直到1560年去世。玛丽出生六个月之后，1543年7月，根据格林威治条约，她应该与英格兰的爱德华六世（英格兰的亨利八世之子）在1552年结婚，他们的继承人将继承英格兰王国和苏格兰王国的王位。两个月以后，玛丽和她的母亲（当初曾强烈反对他们的婚姻），躲进了为玛丽加冕而准备的斯特林城堡。

玛丽于1543年9月9日在斯特林城堡的王家小礼拜堂加冕为苏格兰女王。如此年幼就加冕为女王和独特的典礼，这场加冕一时在欧洲成为街谈巷议的焦点。

加冕那天，玛丽身着缩小了的厚重的王家礼服。她柔嫩的脖子上系着深红色天鹅绒斗篷，下摆为貂皮，带有长袖镶有宝石的绸缎长袍包裹着这个婴儿，她已经可以坐起但尚不能走路。林斯顿大人怀抱着她庄严地走进王家小礼拜堂。礼拜堂内，林斯顿爵士把玛丽带到圣坛前，轻柔地将她放在已经放置好了的王位上。然后他起身扶住她，使她不会滚下。

不久，枢机David Beaton便宣读了加冕誓词，林斯顿大人代替玛丽回答。此后，枢机松开了她沉重的长袍，施以涂油礼，将圣油涂在她的背上，胸部和手掌上。在寒风下，玛丽开始哭泣。兰诺克斯伯爵授予并将节杖放在她的小手上。玛丽抓住了沉重的节杖。阿盖尔伯爵五世阿奇博尔德·坎贝尔觐献了国剑。主教将这把三英尺长的剑束在她的纤腰上。

然后，阿伦伯爵二世詹姆斯·汉密尔顿拿来王冠。Beaton枢机小心翼翼地把王冠戴在她头上的天鹅绒饰环上。枢机固定了王冠，林斯顿大人将她扶正，兰诺克斯和阿伦伯爵亲吻她的面颊以示忠诚，随后其他的高级教士和贵族跪地，以手触冠，宣誓效忠。

玛丽女王登基不久，《格林威治条约》便分崩离析。与苏格兰人联姻的婚约并没有能够持续下去，尤其是亨利八世的猜忌心理，他试图改变协议以便在婚姻开始前占有玛丽。他甚至还想破坏苏格兰与法国的传统联盟。因为害怕人民起义，苏格兰议会在这年年末解除了这项条约。

但是这并不能使亨利八世满意。他开始谋划“粗暴求婚”计划，即强迫玛丽嫁给他的儿子。这其中还包含一系列对苏格兰领土的袭击以及其他行动。这一计划一直持续到1551年6月，耗资超过50万镑，许多人为此失去了生命。1544年5月，英格兰的赫特福德伯爵（即后来爱德华六世时的萨默塞特公爵）打到了福斯湾，并期盼能攻占爱丁堡俘获还是婴孩的女王，但是玛丽·德·吉斯将女王隐藏在斯特灵城堡的密室中。在这关键时刻，仍然信守亲密同盟的法国人帮助了苏格兰人。

1547年9月10日，又被称为“黑色星期六”，苏格兰人在平启（Pinkie）之战（平克战役）中遭到惨败。玛丽·德·吉斯因为害怕女儿受到伤害，暂时将她送到因其摩霍姆修道院，并转而向法国大使马歇德沃依色尔寻求帮助。法国的新国王，亨利二世，此时正打算透过苏格兰年幼的女王与自己刚出生儿子，王太子弗朗索瓦的联姻来统一法国与苏格兰。这在玛丽看来是解决其麻烦的惟一明智方法。

1548年2月，当玛丽·德·吉斯听到英格兰军队撤军消息后，她将女儿转移到达蒙波特城堡。英格兰的撤军再次只留下一地瓦砾，他们强占了战略要地汉廷顿。到6月，盼望已久的法军才姗姗而来，7月7日，与法国的婚约在距离汉廷顿不远的修道院内签署。玛丽将被送往法国，亨利二世将负责培养教育她。

1548年8月7日，亨利二世派出的法国舰队从达蒙波特驶回法国，五岁的苏格兰女王在船上。

（根据那时人的记录）活泼，可爱，聪明的玛丽有个前途似锦的童年。因为有婚约在身，她于1548年五岁的时候被送到法国。在法国宫廷里度过了十年的童年时光。她身边有自己的小朝廷，是由两个大臣，两个有一半血缘的兄弟，和“四玛丽”（即四个和她相同年纪都叫玛丽的女孩子，她们分别来自苏格兰四个显贵的家族：Beaton、Seaton、 Fleming 、林斯顿）组成。

在法国王宫里，玛丽是宠儿。她受到了法国所能提供的最好的教育，当她的教育生涯结束时，她已掌握了法语、拉丁语、希腊语、西班牙语和意大利语，加上她原先的母语——苏格兰语。她学会了两种乐器的演奏方法并学习了散文，马术，训鹰术和缝纫。

1558年4月24日，她在巴黎圣母院嫁给了法国王太子。

1559年7月10日，亨利二世病故后，她成为了法国王后；她丈夫成为了弗朗索瓦二世。

按照常规继承法的规定，玛丽在其无嗣的表姑玛丽一世（英格兰女王玛丽一世）之后，是英格兰王位的下一个继承人。根据天主教，伊丽莎白是私生女，使玛丽成为真正的王位继承人。

尽管反天主教嗣位法直到1701年才通过。亨利八世的意志使斯图亚特家族仍被排除在继承英国王位的行列里。玛丽的麻烦由于法国胡格诺派起义（称作1560年3月6日到17日的安波依斯阴谋）而增多，使得法国不能在苏格兰方面救援玛丽。继承问题由此产生。

1560年12月5日，弗朗索瓦二世去世。她在18岁就成了寡妇。在法国有自己的封地和大笔的收入。

当时苏格兰的情况越来越希望玛丽女王回到苏格兰，因为她的母亲的去世，这个国家变得非常不稳定、非常危险的政治局面。国家的实权操在新教徒贵族手中，他们召开非法国会以实现改革并废除教皇的权利。

玛丽于1561年8月19日回到了利斯，她才仅仅十八岁，尽管她很有天赋，但她的成长背景没有给她判断力以应付当时苏格兰危险复杂政治局面。宗教使得人民之间矛盾重重，玛丽的私生兄弟，第一代莫里伯爵詹姆士·斯图亚特，是新教派系的首领。玛丽作为一个虔诚的罗马天主教徒，却遭到了许多臣民和她父亲表妹英格兰女王伊丽莎白一世以及新教邻国君主的猜疑。

新教改革者约翰·诺克斯就公然鼓动他人反对玛丽，指责玛丽听弥撒，跳舞，穿着太精细和其他东西。一次新教徒叛乱威胁到在霍利鲁特玛丽私人教堂举行的弥撒。这一叛乱使得天主教处于一种停顿状态，实际上除了女王和她的家属以外，一切弥撒都遭到禁止。

但是，使天主教派失望的是，玛丽并没有急于从事天主教的事业。她容忍了新建立的基督新教优势，保留了她的私生兄弟莫里伯爵首席顾问的职位。通过这个事件，玛丽可能意识到在和新教徒贵族的对抗中，她缺乏有效的军事力量。但是，通过与莫里联合，在1562年打击苏格兰的天主教代表要员亨特利大人，她有效地收窄了她的选择。

1561年，玛丽思考再三决定邀请伊丽莎白访问苏格兰，打算大摆鸿门宴。然而伊丽莎白仍对血统一事耿耿于怀。玛丽于是派遣了雷森顿的威廉·马特兰德作为驻英格兰宫廷的大使提交了将玛丽作为可能的英格兰储君的议案。伊丽莎白的回应可以归纳如下：“以我王位的称谓和我所处的时代为名，她将不可能获得储君的地位。”然而，在玛丽写给盖斯公爵的信中，却记载了马特兰德告诉她的一些其他事情，包括伊丽莎白支持她的声明：“在我眼中没有比玛丽更好适合这个职位的人，我本人就很看重她。在这件事情中，伊丽莎白就刻意留心了议会的作用。

1561年12月，玛丽与伊丽莎白的会见已经进入日程表，这次的回见地点定在了英格兰，但伊丽莎白改变了主意。回见地点被定在了八、九月间在约克，或者“其他类似城市”。七月，由于法国内战，伊丽莎白派遣亨利辛迪爵士改变了回见地点。

1563年，为了平衡与玛丽的关系，伊丽莎白试图劝说玛丽嫁给罗伯特·达德利莱切斯特伯爵一世，是亨利·辛迪爵士的姻亲。他深得伊丽莎白女王信任并且认为她可以借此控制玛丽。达德利是个新教徒，对伊丽莎白而言，这此联姻能达到一石二鸟的效果。她派遣了一个特使告知玛丽，如果她嫁给伊丽莎白指定的一个人（在那时还是匿名的），伊丽莎白将“开始调查玛丽是否具有权利获得王室称谓而成为伊丽莎白的表外甥女进而成为王位继承人。”这个计划遭到了玛丽的拒绝。

1565年7月29日，在圣十字架宫，玛丽出人意料地嫁给了达恩利勋爵亨利·斯图亚特（Henry Stuart/Stewart, Duke of Albany；1545年12月7日－1567年2月10日），他是英格兰亨利七世的长女玛格丽特·都铎与第二位丈夫安格斯伯爵阿齐巴尔德·道格拉斯的外孙，也就是玛丽的堂弟，同时亨利·斯图亚特的父系祖先可以追溯到第四代苏格兰王家大管家亚历山大·斯图亚特的次子约翰·斯图亚特爵士。对于新教首领，同时也是她的侄子，莫里伯爵而言，这是突然一击。他们公然发动叛乱，玛丽不得不于1565年8月26日逃往斯特灵去组织力量进行抵抗。

9月，玛丽又前往爱丁堡招募更多军队。莫里伯爵和其他起兵的贵族被击败了，决定胜负的战斗即是后来广为人知的蔡斯袭击。玛丽与达恩利的联姻激怒了伊丽莎白：她认为这次婚姻尽管已经完成但是应该得到她的许可。因为达恩利的英格兰贵族头衔。伊丽莎白觉察到这次婚姻带给她本人的威胁。因为达恩利具有英格兰和苏格兰王室的血统，任何达恩利和玛丽的子女都极有可能去继承玛丽和伊丽莎白王位。

不久以后，玛丽就怀孕了。但达恩利很快就变得傲慢自大，桀骜不逊，贪求权力，要求在他的头衔上赠以“国王”的名号。但在某一场合，他袭击了玛丽，试图想让玛丽因此流产，却失败了。

他嫉妒玛丽与她私人秘书，大卫·里齐奥之间的情谊，在1566年3月，达恩利进入参与了一个在蔡斯袭击中反叛玛丽的贵族组成的秘谋组织。3月9日，一个贵族团体，伙同达恩利，在斯特林宫刺杀了里齐奥，当时他和玛丽、阿艾尔夫人等正在玩纸牌。这次行动加速了玛丽与达恩利婚姻的破裂。达恩利很快再次改变了立场与那些参与刺杀的贵族决裂。

随着1566年7月，玛丽的继承人（即以后的英格兰詹姆士一世、苏格兰詹姆士六世）出世，一个除掉达恩利的阴谋正逐渐形成，因为此时玛丽无可救药爱上了一个黑色大理石一样的男人--博思韦尔伯爵，伯爵粗狂豪放的男性魅力瞬间将玛丽从未失去的骄傲、自信及理性碾的粉碎，和伯爵相比，弟弟一样的弗朗索瓦二世和徒有外表的小白脸达恩利完全失去了色彩。她曾写诗自供“为了他，从那天起，我放弃了名誉；为了他，我赌上了权势和良心；为了他，我抛弃了亲人和好友。”

此时的达恩利正重病缠身（有可能是梅毒），他被安排在爱丁堡的一幢别墅里康复。

1567年2月，别墅里发生了一次爆炸，爆炸发生后，在花园里发现了已经咽气的达恩利。他看起来是被掐死的。这一事件原本是对玛丽的一种解脱，却不想败坏了她的名誉。大家都把注意力放到了博思韦尔伯爵身上，认为他刺杀了达恩利，由此招致了一场对博斯维尔的审判，但最后法庭宣判他无罪。玛丽试图在贵族中重新寻找支持。他们中的一部分就是在伯斯维尔曾经笼络过签署了埃斯里客栈联合声明，支持他迎娶玛丽的贵族。

1567年4月24日，玛丽最后一次在斯特灵探视了她的儿子。在她返回爱丁堡的路上她宣称自己遭到了“绑架”。无论是否出于玛丽的自愿，当博斯维尔和他的手下将她带回邓巴城堡时，据说她被博斯维尔伯爵强奸了，但其实在更早于达恩利身亡之前，她就已怀上博斯维尔的小孩。

5月6日，他们返回到爱丁堡，5月15日，在圣十字架宫，玛丽和博斯维尔伯爵举行了新教仪式的婚礼。然后这段婚姻并不圆满，玛丽在婚后两天就喊着要一把刀来自杀，同时她也被怀疑她的臣民们视为淫妇。贵族们都转而反对玛丽和博斯维尔伯爵并起兵反叛。

6月15日玛丽和博斯维尔伯爵不得不退到卡伯里山上对抗贵族军队。战斗没有打响，玛丽以释放博斯维尔伯爵的条件下答应了贵族的要求。但是贵族们没有信守他们的承诺并将她带到爱丁堡囚禁在列文湖城堡，这个城堡坐落在列文湖中央小岛上。从1567年7月18日到24日，玛丽怀的一对双胞胎在城堡里流产了。7月24日，她被迫退位并将王位传给只有一岁大的詹姆士。

1568年5月2日，玛丽从列文湖逃脱并再一次成功地招募了一支规模不大的军队。当她的军队于5月13日在兰塞德战役被击败后，三天之后玛丽逃往英格兰。迅即于5月19日，被伊丽莎白的军官囚禁在卡莱尔城堡，在囚禁期间，她说了那句名言：“In my end is my beginning”（我死即我生）。并将这句话镶嵌在她衣服的花边上。

在关于玛丽是否应该为谋杀达恩利负责的争论结束后，伊丽莎白决定对玛丽采取质询而不是审判来解决问题。1568年10月至1569年1月间，对玛丽的质询在约克实行。这场质询具有极强的政治色彩。伊丽莎白由于君权神授的观念而不希望玛丽被判谋杀罪。而玛丽，因为她曾经受过教会的涂油礼，拒绝承认任何世俗审判的权威性。第一代莫里伯爵詹姆士·斯图尔特，最终负责对玛丽进行起诉，他同时也掌管玛丽缺位时的苏格兰，其主要任务是不让玛丽返回苏格兰并控制那些支持玛丽的苏格兰人民。

审判的重心逐渐转移到“首饰盒信件”一事上，詹姆斯·道格拉斯，莫顿伯爵四世在爱丁堡一个雕有F字样的（据推断是法兰西斯二世）银盒里，发现了据称是玛丽写给博斯维尔的八封信和许多其他文件，包括玛丽和博斯维尔的结婚证明。法庭上玛丽并没有看到这些证物，也不能为自己辩护。她拒绝提交一份书面的抗辩词除非伊丽莎白宣判她无罪，显然，伊丽莎白不可能那么做 。

尽管质询方通过验证笔迹认定首饰盒信件为真迹。其中的内容也摆在那里，如果其中的内容是可信的话，这些都会成为玛丽有罪的证据。但质询方最后得出结论是没有足够的证据证明玛丽是有罪的。其实结果并不出人意料，唯一的结论就是这些都只不过为了取悦伊丽莎白。

后世诸多历史学家质疑“首饰盒信件”的真实性。但原件已于1584年失传了，众多的抄件散失在很多收藏家中但并没有形成完整的一套。玛丽质疑她的笔迹并不难于模仿，并经常流露出这些信札统统都是伪造的，有罪的段落是在质询前嵌入书信中的。或者这些信是其他人写给博斯维尔的。通过写作风格的对比就能看出他们不是出自玛丽之手。

无论何种方式都不可能证明这些信件的真假了。除了这些信件，并无其他证据可以控告玛丽。事后看来，很难证明涉及的主要当事人想去探清事情的真相。

伊丽莎白认为玛丽图谋染指英格兰的王位并对她造成了威胁。此后玛丽被她囚禁了十八年。其中大部分时间，玛丽被软禁在谢菲尔德城堡和谢菲尔德庄园。在乔治塔尔伯特，什鲁斯伯里伯爵六世和他可怕的夫人，哈德威克的贝斯的监视下。他们的女儿伊丽莎白·卡文迪什嫁给了查尔斯·斯图亚特（达恩利的兄弟）并育有一女，阿尔贝拉小姐。女王的至爱-----詹姆斯·赫伯恩则被囚禁在了丹麦，患上了“精神病”，最后死于1578年。当时也身陷囹圄，1580年，软禁玛丽的责任被转交到了阿米爱斯伯勒特手中。玛丽在他的“关怀”下度过了余生。

不管如何，1570年，法国国王查理九世派代表劝说伊丽莎白许诺帮助玛丽重新获得她的王位，作为前提条件，玛丽要接受她仍不十分赞同的爱丁堡条约。不过，威廉·塞西尔，一世伯利作为伊丽莎白的代表与玛丽协商。两位女王始终没有见过面。

莱道菲阴谋使得伊丽莎白不得不重新考虑如何处置玛丽。1572年，议会在女王的鼓励下，订立了一道禁止玛丽成为英格兰女王的法案（即“联合合约”），其目的在于预防任何可能在刺杀女王中得益的继位者。这道法案并不是法令，但数以千计的人在上面签字，包括玛丽自己。

伊丽莎白再也不能容忍玛丽，因为她收到许多报告，有人阴谋谋害她本人而让玛丽取而代之（一些历史学家认为这些都是玛丽的敌人伪造的）。

玛丽·斯图亚特于1587年2月8日在北安普敦郡佛斯里亨城堡被处极刑，罪名是被怀疑卷入阴谋，贝比通阴谋，企图刺杀伊丽莎白。行刑那天，玛丽身着红色，表明她是一个天主教殉教者。

行刑过程是很残酷的，一些人事后回忆说那天刽子手喝醉之后长喘三口大气才把玛丽的头砍下来，当第一斧头下去，据传她用喉咙喃喃作声说：“刽子手，做完你的事儿！”关于这场行刑有很多其他版本，但经久不衰延续至当代的版本是：当刽子手拿着玛丽面容冷峻的头颅向在场的人展示的时候，这才发现玛丽戴了一个假发头套（戴着假发，就像她平时那样）。她死后的面容难以辨认。

玛丽最初被埋葬在彼得镇大教堂，但是她的遗体于1612年被她的儿子，英格兰国王詹姆士一世挖掘出来了，迁葬到威斯敏斯特教堂。仍在那儿，她的墓穴和她表姑伊丽莎白的只有30英尺（9米）之遥。

玛丽死后被封为圣徒，跻身耶稣会殉难者之列，现存还有很多玛丽的遗物，她的祈祷书长期以来在法国展示，她的辩护书也已出版。在英语刊物中，她所做的十四行诗已经出版，在这本书里据说有她的亲笔。

一位著名的德国女演员，亨德尔·席勒茨被玛丽的人生态度所感染并开始钦佩玛丽的为人，她在弗里德里希·席勒一剧中饰演“玛利亚”在德国众多城镇中赢得好评。据称她所佩戴在脖子上的十字架挂件与不幸的玛丽女王所佩戴的极其相似。

在众多遗物中很少有确凿证据证明是玛丽女王曾经使用过的。但是还是有一些遗物被证实确实是女王曾经所有的。比如在行刑后覆盖在女王脸上的面纱。不知道是由于刽子手手忙脚乱还是当时环境的混乱，误伤了这位不幸女王的肩膀。这块面纱原本是J.C 希匹斯雷爵士所有，他声称他母亲是斯图亚特王朝的后代，1818年，在罗马，马提奥戴奥塔夫雕刻了一尊以他形象为蓝本的木雕，并将这尊木雕的复制品赠送给他的朋友。

面纱上金边闪烁的饰物据说是由玛丽女王亲手缝制的，整齐地挨个排列着，由此可以形成一个个小的方格。方形地边角镶金。边角相连。其上有金字绣成的一段话。

木雕上有一段题字，从另一方面证明了这件遗物的真实性，上面写着，这个面纱，是被驱逐了的斯图亚特王朝的传家之宝。 被这个家族最后的遗脉约克的天主教枢机主教，亨利·本尼迪克特·斯图亚特保存，多年以来，他将这件至宝保存在他个人的小礼拜堂里，其中还有诸多其他玛丽女王的遗物，他死后，将这些遗物，连同一本珍贵的古希腊历史学家普卢塔克著作，和一本精装印制的圣书抄本，还有一些在苏格兰玛丽女王时期铸造的金币，一并赠送给约翰·希彼斯里爵士。

自1818年4月29日以后，这个木雕一直由教皇庇护七世收藏在他位于奎里纳尔山的宫殿内，先前当他住在罗马时曾与约克枢机相厚，当约克枢机和其他枢机于1798年移居威尼斯的时候，英国国王乔治四世，当时的威尔士亲王给予了那些因为法国大革命而生活窘迫的枢机主教一年4000英镑的养老金。

约克枢机想把这些他认为价值连城的玛丽女王的遗物赠送给那些给他们提供帮助的人作为报答。根据在这个木雕上的纸条上所说，这块面纱长为89英寸，43英寸宽，因而看上去更像是披肩或者围巾而非面纱。在梅尔维尔的记忆中，也是席勒读到的，所提到的属于女王的手帕在女王死前就被人拿走了，席勒还发现这块面纱上所记录的由汉娜·肯尼迪所做的一些著名的描述永别场面的句子。

“接受这块我亲手传递的手帕！

这块我在悲伤时刻为你亲手缝制的手帕

其中交织着我的热泪：

它让我永不瞑目。”

有关玛丽女王生平的两部经典电影（两者都没有基于历史事实而是从故事中取材）分别是1936年拍摄的《苏格兰的玛丽》，由凯瑟琳·赫本和弗里德里克·马歇出演，还有一部是1971年拍摄的《玛丽：苏格兰女王》。由瓦内莎·里德格瑞夫（获得奥斯卡金像奖）和奈杰尔·达文波特出演。

玛丽的事迹也引起了戏剧界的关注，多尼采蒂·盖尔塔诺写作了以玛丽·斯图亚特为名的歌剧。弗里德里克·席勒写作了剧本《玛利亚·斯图亚特》。诗人约瑟夫·布罗德斯凯用俄语写作的写给玛丽·斯图亚特的十四行诗获得了诺贝尔文学奖，使人将玛丽设定为一个对话者。同样，玛丽的事迹激励了麦克沃德弗里德写作了歌曲“致法国”。

玛丽的事迹也是小说家手里的好材料。不少小说以玛丽为原型写作，出版的包括：玛格丽特·乔治《苏格兰玛丽女王和不列颠岛：长篇故事》和吉恩·布莱迪《通往佛斯里亨的王家路：苏格兰女王玛丽的故事》。

在儿童文学方面，关于玛丽的小说包括《傻女王：苏格兰女王玛丽》和《学院派王家日记选》，由凯瑟琳拉斯基所做的：“苏格兰女王玛丽，没有土地的女王，法兰西和1553年”。 还有《修道院院长》《女王越狱记》。

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